Pengawet boleh menggumpal atau menyahtukarkan protein mikroorganisma, dengan itu mengganggu pertumbuhan dan pembiakannya.
Pengawet bertindak pada dinding sel dan membran sel mikroorganisma. Dengan mengganggu atau merosakkan dinding sel, atau mengganggu mekanisme sintesis dinding sel, ia menyebabkan kebocoran bahan intraselular atau menjejaskan sistem pengangkutan elektron rantaian pernafasan-membran, sekali gus memberikan kesan antimikrob.
Mereka bertindak ke atas bahan genetik atau struktur zarah genetik, dengan itu menjejaskan replikasi, transkripsi, dan terjemahan bahan genetik dan protein.
Mereka bertindak ke atas sistem enzim dalam mikroorganisma, menghalang aktiviti enzim dan mengganggu metabolisme normal mereka.
